우리가 섭취한 음식물은 구강, 식도, 위, 장을 거쳐 소화되고 흡수된다. 위는 위산이 분비되어 산성이며 장은 췌장에서 중탄산염이 분비되어 위에서 넘어온 음식물의 산성를 중화시킨다. 담배를 피울 경우 췌장에서 중탄산염의 분비가 줄어들고 위에서 위산이 많이 분비되어 궤양을 유발하는 것으로 생각된다. 흡연자는 궤양, 특히 십이지장궤양에 걸릴 위험이 커지며 비흡연자에 비하여 궤양의 치유도 늦다. 또한 흡연에 의해 식도괄약근의 작용을 약화되어 위액이 식도 내로 역류되 흡연자는 종종 속쓰림을 느낀다.

흡연은 간의 효소에 영향을 미쳐 여러 약물의 대사를 촉진시키거나 지연시킨다. 따라서 비흡연자에 비하여 약물의 효과가 떨어지거나 효과가 너무 강하게 나타나기도 한다. 기관지를 확장시키는 아미노필린(aminophyllin)을 흡연자에게 투여할 경우 비흡연자의 2배 용량을 투여하여야 효과가 있다.